Der Name Wildkirchli wird erstmals vom St. Gallener Reformator und Bürgermeister Joachim Vadian erwähnt. 1621 gründete der Mönch Philipp Tanner eine Höhlenkapelle in einer der 3 Höhlen des Wildkirchli, die der Pfarrer Paulus Ulmann 1658 zu einer Einsiedelei ausbaute.

Man kann davon ausgehen das die Alp-Bauern der Ebenalp schon lange vor Tanner einen kleinen Ort der Andacht in der Höhle eingerichtet hatten. Tanner fand anlässlich eines Besuchs der Ebenalp eine verwahrloste Gebets-Stätte vor. Mit Unterstützung der Behörden des Standes Appenzell Innerrhoder liess er einen hölzernen Altar und vor der Höhle einen Holzturm mit grossen Kreuz errichten. Die Kapelle wurde auf den Namen des Erzengels Michael geweiht und sollte als Wallfahrtsort dienen. Nach dem Tanner Appenzell 1624 verlassen hatte, vergassen die Appenzeller die Kapelle. Es ist dem Appenzeller Pfarrer Paulus Ulmann zu verdanken, das die Höhlen nicht wieder in Vergessenheit gerieten. 1658 war er der erste Eremit, der sich in Waldkirchli niederliess, nachdem er sein Pfarramt in Appenzell aufgegeben hatte. Unter Ulmann entwickelte sich das Wildkirchli zu einer beliebten Wallfahrtsort für die Appenzeller. 1679 gründete Ulmann die Waldkirchlistiftung um die Einsiedelei auch über seinen Tod hinaus zu erhalten, auch nach seinem Tod. Die Stiftung verfügte über Grundbesitz in der Umgebung der Höhlen, und aus den Erträgen sollte der Unterhalt der Gebäude und das Leben der Eremiten finanziert werden. Der Stiftungsbrief befindet sich im Besitz des Landesarchivs Appenzell Innerrhoden.Bis 1853 lebten zirka 2 Dutzend Eremiten ständig in den Höhlen. Als im Jahre 1853 der Eremit Anton Fässler tödlich abstürzte, wurde die Einsiedelei aufgegeben.  1860 wurden die ehemaligen Unterkünfte der Eremiten durch das heutige Gasthaus Äscher, (auch Aescher) ersetzt. Dieses befindet sich bis heute im Eigentum der Wildkirchlistiftung, und wird verpachtet.

Quelle: Wikipedia